مدیریت بنادر و دریانوردی سازمان منطقه آزاد قشم با هدف مدیریت، نظارت، کنترل  امور فعالیت های بندری و امور دریایی بنادر جزیره قشم در حوزه معاونت اقتصادی و سرمایه گذاری در چارت سازمانی قرار گرفته است.

بنادر اصلی تحت نظارت مدیریت بنادر به شرح ذیل می باشد.

بندر بهمن ( تجاری – مسافری )

 بندر شهید ذاکری ( مسافری )

بندر هامون ( تفریحی )

 اسکله فجر( حمل مصالح ساختمانی )

 بندر درگهان (مسافری )

 بندرکاوه ( تجاری )

 اسکله لافت ( باری ، مسافری )

 (اسکله پهل (باری ، مسافری )